藻類也就是浮游植物，它包括藍藻門 、綠藻門、硅藻門、隱藻門、甲藻門、裸藻門、金藻門和黃藻門八個門類的浮游種類。其中，藍藻，又稱藍細菌或藍綠藻，是一類光合自養型原核生物。藍藻在約35億年前就已經出現了。研究表明，其可能是地球上最早進行光合作用并釋放氧氣的生物。藍藻為單細胞、絲狀或非絲狀的群體，其在自然界中有很強的適應能力，廣泛存在于水圈、土壤圈和大氣圈中，并可在其他微藻無法生存的極端環境下繁衍。

大多數水華都是由藻類引起的，如藍藻、綠藻、硅藻等水華。藍藻水華是由藍藻門藻類過度增殖引發的水華，已報道有幾十個屬的上百種藍藻可以形成水華，藍藻水華涉及藍藻門40 個屬，目前，常見的藍藻水華種類有微囊藻、束絲藻、魚腥藻、顫藻、浮絲藻、席藻、鞘絲藻、擬柱胞藻、節旋藻、節球藻、平裂藻、項圈藻等。


01銅綠微囊藻
形態特征：自由漂浮，群體團塊一般較大, 肉眼可見。群體形態變化較大, 發育早期多為球形或橢圓形, 中實, 為青綠色或黑綠色, 隨著發育過程群體不斷增大, 最終易形成不規則形狀, 膠被也常破裂或穿孔, 使群體成為樹枝狀或似窗格的網狀體。膠被無色或微黃綠色、不明顯、無折光、無分層。膠被不密貼細胞, 距離2 µm以上。膠被內細胞排列較緊密。細胞球形, 直徑3.8–6.3 µm, 平均為5.3±0.59 µm。細胞原生質體深藍綠色或黑綠色, 有氣囊(gas vesicle)。水華顆粒大，顏色深藍綠色。
分布: 該種類除南北極區和近南北極區外，在世界范圍內廣泛分布。為浮游產毒種類, 是形成水華的最主要種類。


02惠氏微囊藻
形態特征：自由漂浮，群體形態變化最多, 有球形、橢圓形、卵形、腎形、圓筒狀、葉瓣狀或不規則形, 常通過膠被串聯成樹枝狀或網狀, 集合成更大的群體, 為肉眼可見。群體膠被明顯, 邊界明確,無色透亮, 堅固不易溶解, 分層且有明顯折光。膠被離細胞邊緣遠, 距離5–10 µm以上。群體內細胞較少, 細胞一般沿膠被單層隨機排列, 形成中空的群體。細胞較少密集排列, 但有時細胞排列很整齊、有規律，有時也充滿整個膠被。細胞較大, 球形或近球形, 直徑4.5–8.1 µm, 平均為6.4±0.74 µm。細胞原生質體深藍綠色或深褐色, 有氣囊。
分布: 該種為世界性分布很廣的種類，特別是在我國的富營養化水體中, 它的分布和豐度甚至超過銅綠微囊藻。


03水華束絲藻
形態特征：藻絲多筆直，少數略彎曲，野外條件下常多數集合形成紡錘狀束狀群體，無鞘，頂端尖細，藻絲末端細胞延長成無色細胞，細胞圓柱形，具偽空胞，能自主沉??；異形胞間生，近圓柱形、近球形、橢圓形，較正常細胞略大，具固氮功能；孢子遠離異形胞，長圓柱形，壁厚，較正常細胞大，能萌發形成新的藻絲體。
分布：廣泛分布于世界各地的淡水富營養化湖泊中，為產毒種類。